簡單地講，蛋白質分離器的工作就是氣泡的張力把臟東西頂出來與水分離，此時臟東西和水分離了。而由蛋分分離出的蛋白質，會呈現出類似液體形式儲存在收集罐里，然后定期清理掉。

蛋白質分離器的具體處理流程為：需要處理的水體進入混合室的下部，在混合室切割導流的作用下，做UV混合水流，水體向上移動后再翻滾向下，到達出水口；進水采用TM進氣切割裝置進氣并產生大量微氣泡，隨著水體進入氣水混合室，在水體翻滾時水氣充分混合，到達分離界面后，水向下方流動，懸浮的未溶解和溶解的蛋白微粒聚集在微氣泡表面，氣浮向上推動脫離出水體，進入頂部的收集管后通過泡沫排污管排出，處理后的水沿主出水口流出，調整出水球閥可以實現理想液位。這種結構設計在確保蛋白質分離效率的同時，TM進氣切割裝置的利用，取消了傳統的射流泵，大大節約了能耗，提升的設備的穩定性及可靠性。

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